继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
演员：菲利普·布莱德尼 阿纳斯塔西娅·西瓦耶娃 波琳娜·杰尼索娃 维塔丽雅·科尔尼扬科 伊娃·斯米尔诺娃 波利娜·阿努蒂诺娃 莉莎·阿尔扎马索娃 阿列克谢·杰米多夫 米罗斯拉娃·卡尔波维奇 达丽雅·梅尔尼科娃 塔蒂亚娜·奥尔洛娃 维罗妮卡·茹拉夫列娃
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演员：菲利普·布莱德尼 阿纳斯塔西娅·西瓦耶娃 波琳娜·杰尼索娃 维塔丽雅·科尔尼扬科 伊娃·斯米尔诺娃 波利娜·阿努蒂诺娃 莉莎·阿尔扎马索娃 阿列克谢·杰米多夫 米罗斯拉娃·卡尔波维奇 达丽雅·梅尔尼科娃 塔蒂亚娜·奥尔洛娃 维罗妮卡·茹拉夫列娃
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演员：马里奥·卡萨斯 奥拉·加里多 亚历山德拉·希门内斯 何塞·科罗纳多 胡安娜·阿科斯塔 马蒂娜·古斯曼 阿娜·瓦格纳 苏西·桑切斯 安娜·阿拉康 哈维·萨兹 冈扎洛·德·卡斯特 米玛·里埃拉 桑蒂·庞斯 山姆·费尔 米奇·艾斯巴尔贝 乔斯因·本格特伊 奥里奥尔·比拉 阿伊沙·达拉维 哈维尔·贝尔特兰 乔迪·科尔 亚历杭德罗·阿尔巴罗辛 艾妮安娜·卡布罗尔 大卫·韦尔
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